Les règles de protection des agents de la fonction publique sont fixées par leur statut et sont au moins équivalentes au dispositif du régime général de la sécurité sociale.

Les agents de la fonction publique ne bénéficient pas de la complémentaire santé collective obligatoire. La souscription d’une complémentaire santé individuelle est facultative.

Ils ont la faculté de souscrire des contrats de complémentaires santé individuels proposés par des organismes référencés par leur Ministère pour les agents de la fonction publique d’État ou par des organismes labellisés par leur administration territoriale pour les agents de la fonction publique territoriale.

Les dispositions relatives aux arrêts de travail dans la fonction publique diffèrent de celles des salariés du privé. Elles dépendent de la durée, de la rémunération et du statut de l’agent. Des conditions particulières régissent aussi les arrêts de travail des ouvriers de l’État.

Les arrêts maladie des agents de la fonction publique sont rémunérés à partir du 2^e jour, sauf dans certains cas. Le 1^er jour non rémunéré est le jour de carence.

Les arrêts de travail des militaires relèvent de conditions particulières, selon le contexte, la durée du congé, et l’ancienneté du militaire. En position d’activité, le congé maladie peut atteindre 180 jours sur 12 mois consécutifs.